Nyan Koi! – Junpei Kousaka adalah siswa sekolah menengah tahun kedua yang memiliki alergi terhadap kucing — keadaan sulit yang membuatnya membenci kucing dan segala sesuatu yang berhubungan dengan mereka. Sayangnya, dia dikelilingi oleh pecinta kucing: keluarganya, teman masa kecilnya yang terasing, dan bahkan kekasihnya Kaede Mizuno.