Night Head 2041 – Ceritanya mengikuti saudara-saudara Kirihara yang sejak usia muda dipenjara di fasilitas ilmiah yang aman karena kekuatan gaib mereka, setelah melarikan diri setelah penghalang yang mencegah mereka mengalami malfungsi. Ceritanya juga mengikuti saudara-saudara Kuroki yang berusaha mengejar saudara-saudara Kirihara.