The Disappearance of Nagato Yuki-chan – Di alam semesta alternatif, Yuki Nagato yang pemalu dan canggung mencoba merayu naksirnya, Kyon, dengan bantuan sahabat dan tetangganya, Ryoko Asakura yang ceria dan gigih. Bersama-sama, ketiganya membela klub sastra sekolah menengah mereka dari pemusnahan… dan dari gangguan teman sekelas mereka yang berlebihan, Tsuruya, dan teman serta anteknya Mikuru + OVA.