Beberapa tahun setelah The Fruit of Grisaia…Yang dulunya adalah “Akademi Mihama,” tempat perlindungan bagi gadis-gadis muda, kini telah diubah menjadi sekolah pelatihan SORD (Organisasi Khusus untuk Penelitian & Pengembangan) yang didedikasikan untuk membina bakat dalam pertahanan nasional. Rena dan Maki ahli dalam senjata api, Tohka dan Gumi ahli dalam menembak jitu, Chris menangani bahan peledak dan pemrosesan data, dan Murasaki adalah ninja terampil untuk operasi intelijen. Bersama-sama, mereka menangani kasus-kasus yang terlalu rumit untuk polisi atau Pasukan Bela Diri, berulang kali menghadapi misi-misi berbahaya. Ini adalah kisah gadis-gadis muda ini, yang berlumuran darah dan bubuk mesiu.