Boku wa Mari no Naka – Isao Komori adalah seorang putus sekolah yang menghabiskan hari-harinya terkurung di apartemennya dengan bermain video game. Puncak dari harinya adalah mengunjungi sebuah toko serba ada dimana seorang gadis SMA seperti malaikat bernama Mari berkunjung setiap malam. Suatu pagi Komori terbangun di tubuh Mari. “Komori” lain menghuni tubuh lamanya, dan Mari telah menghilang. Komori berjuang untuk mempertahankan kehidupan biasa Mari dan mulai menyelidiki hilangnya Mari.