Setelah pasangan misterius menyerang Rukia Kuchiki dan menghapus ingatannya saat dia berada di Seireitei, Ichigo Kurosaki, pengganti Soul Reaper, secara singkat melupakan Rukia, sampai dia diingatkan oleh Kon, seorang Underpod Mod-Soul. Bingung, ia mencari pemilik toko permen kotanya, Kisuke Urahara, yang membuka jalur menuju Seireitei untuk mereka. Ichigo kemudian terkejut menemukan bahwa sekutunya di Seireitei, Shinigami dari Soul Society, telah melupakannya.Dipenuhi dengan aksi, Kimi no Na wo Yobu mengikuti Ichigo dan Kon saat mereka bertarung melawan mantan rekan mereka sambil mencari Rukia yang hilang dan menemukan penyerangnya sebelum mereka menyerang lagi.